De hábitos crepusculares las hienas manchadas pasan las horas centrales del día descansando y aumentan su actividad a medida que el sol cae. Forman grupos llamados clanes que siempre son liderados por una hembra que recibe el nombre de hembra alfa. Estos clanes tienen una curiosa estructura social donde las hembras siempre dominan sobre los machos. Ellas tienen prioridad a la hora de comer o de elegir los mejores lugares para descansar. Parece ser que el rango social de hembra líder es heredado por sus hijas.

Distinguir machos y hembras a simple vista es una tarea complicada ya que su aparato reproductor tiene el mismo aspecto. Las hembras poseen un clítoris de la misma longitud que el pene y unos sacos de tejido fibroso que ocupan el mismo lugar que los testículos en los machos. El desarrollo de este extraño aparato genital en hembras parece venir determinado por la alta concentración de hormonas masculinas (testosterona), que en el caso de la hembra alfa puede ser incluso mayor que en los machos. Este proceso se conoce como masculinización y parece suponer un aumento en la supervivencia de la especie, ya que los cuidados que reciben los cachorros por parte de sus madres son mayores al ser estas dominantes sobre los machos.

A pesar de su fama de carroñeras las hienas se alimentan principalmente de presas vivas. Se pueden organizan en grupos para cazar y persiguen a sus presas a más de 60 km/h durante largas distancias. Los leones son los principales competidores de las hienas ya que se alimentan de las mismas presas y en ocasiones se roban las presas unos a otros.