A diferència de l'hipopòtam comú, l'hipopòtam pigmeu o nan té hàbits principalment terrestres, sobretot a la nit. Se submergeix a l'aigua, sobretot per fugir dels seus depredadors. Per aquest motiu, presenta els ulls situats més laterals al cap. A més, els seus peus són més estrets per poder caminar millor a terra. Tenen forma de barril i, encara que són més petits que l'hipopòtam comú, pot arribar a pesar 270 kg. La mandíbula inferior està subjecta a la part de darrere de crani, cosa que li permet obrir la boca fins a 150º, i tallen el menjar amb els seus llavis gruixuts en lloc de amb les dents.

Els hipopòtams pigmeus no són animals socials, sinó força solitaris. Prefereixen viure en zones de rius i llacs amb pastura a prop. Busquen menjar durant la nit i al dia solen amagar-se als pantans o en caus d'altres animals. Solen donar-se banys de fang que els serveixen per protegir-se de les picades dels mosquits entre els plecs de la pell. A més, entaulen relacions mutualistes amb ocells, que eliminen els paràsits del seu cos.

Els depredadors principals de l'hipopòtam nan són el lleopard i l'home. Aquest últim els caça per obtenir i vendre la seva carn i els seus canins d'ivori. Aquest és el principal motiu pel qual aquesta espècie està considerada amenaçada.