I modsætning til den almindelige flodhest har pygmæ- eller dværgflodhest hovedsageligt terrestriske vaner, især om natten. Den dykker ned i vandet, især for at undslippe sine rovdyr. Af denne grund har den øjne placeret mere sideværts på hovedet. Derudover er deres fødder smallere for bedre at kunne gå på land. De er tøndeformede, og selvom de er mindre end den almindelige flodhest, kan de veje op til 270 kg. Underkæben er fastgjort til bagsiden af ​​kraniet, så de kan åbne munden op til 150º, og de skærer mad med deres tykke læber i stedet for deres tænder.

Pygmæflodheste er ikke sociale dyr, men derimod ensomme. De foretrækker at bo i områder med floder og søer med græs i nærheden. De leder efter mad om natten og om dagen gemmer de sig normalt i sumpe eller andre dyrs huler. De tager normalt mudderbade for at beskytte sig mod myggestik mellem hudfolderne. Derudover etablerer de gensidige forhold til fugle, som fjerner parasitter fra deres kroppe.

De vigtigste rovdyr af dværgflodhest er leoparder og mennesker. Sidstnævnte jager dem for at skaffe og sælge deres kød- og elfenbenshunde. Dette er hovedårsagen til, at denne art anses for truet.