Im Gegensatz zum Flusspferd lebt das Zwergflusspferd hauptsächlich an Land, vor allem nachts. Es taucht ins Wasser, vor allem um seinen Feinden zu entkommen. Aus diesem Grund sind die Augen weiter seitlich am Kopf angebracht. Außerdem sind ihre Füße schmaler, sodass sie besser an Land gehen können. Sie sind fassförmig und können, obwohl sie kleiner als das Flusspferd sind, bis zu 270 kg wiegen. Der Unterkiefer ist an der Rückseite des Schädels befestigt, so dass sie ihr Maul bis zu 150° öffnen können, und sie schneiden Nahrung mit ihren dicken Lippen statt mit den Zähnen.

Zwergflusspferde sind keine sozialen Tiere, sondern eher Einzelgänger. Sie leben bevorzugt in Fluss- und Seegebieten mit Gras in der Nähe. Sie suchen nachts nach Nahrung und verstecken sich tagsüber meist in Sümpfen oder Höhlen anderer Tiere. Um sich vor Mückenstichen zu schützen, nehmen sie meist Schlammbäder zwischen den Hautfalten. Darüber hinaus bauen sie gegenseitige Beziehungen zu Vögeln auf, die Parasiten aus ihrem Körper entfernen.

Die wichtigsten Raubtiere des Zwergflusspferdes sind der Leopard und der Mensch. Letzterer jagt sie, um an ihr Fleisch und ihre Elfenbeinzähne zu kommen und diese zu verkaufen. Dies ist der Hauptgrund, warum diese Art als bedroht gilt.