Contrairement à l’hippopotame commun, l’hippopotame pygmée ou nain a des habitudes principalement terrestres, notamment la nuit. Il plonge dans l’eau, notamment pour échapper à ses prédateurs. Pour cette raison, ses yeux sont situés plus latéralement sur la tête. De plus, leurs pieds sont plus étroits afin qu’ils puissent mieux marcher sur terre. Ils ont la forme d'un tonneau et, bien qu'ils soient plus petits que l'hippopotame commun, ils peuvent peser jusqu'à 270 kg. La mâchoire inférieure est attachée à l'arrière du crâne, ce qui leur permet d'ouvrir la bouche jusqu'à 150º, et ils coupent la nourriture avec leurs lèvres épaisses au lieu de leurs dents.

Les hippopotames pygmées ne sont pas des animaux sociaux, mais plutôt solitaires. Ils préfèrent vivre dans les zones de rivières et de lacs avec de l'herbe à proximité. Ils cherchent de la nourriture la nuit et pendant la journée, ils se cachent généralement dans les marécages ou dans les terriers d'autres animaux. Ils prennent généralement des bains de boue pour se protéger des piqûres de moustiques entre les plis de leur peau. De plus, ils établissent des relations mutualistes avec les oiseaux, qui éliminent les parasites de leur corps.

Les principaux prédateurs de l’hippopotame nain sont les léopards et les humains. Ce dernier les chasse pour obtenir et vendre leur viande et leurs canines en ivoire. C'est la principale raison pour laquelle cette espèce est considérée comme menacée.