A differenza dell’ippopotamo comune, l’ippopotamo pigmeo o nano ha abitudini prevalentemente terrestri, soprattutto notturne. Si tuffa in acqua soprattutto per sfuggire ai predatori. Per questo motivo ha gli occhi posizionati più lateralmente sulla testa. Inoltre, i loro piedi sono più stretti per poter camminare meglio sulla terraferma. Hanno la forma di una botte e, nonostante siano più piccoli del comune ippopotamo, possono pesare fino a 270 kg. La mascella inferiore è attaccata alla parte posteriore del cranio, permettendo loro di aprire la bocca fino a 150° e tagliano il cibo con le labbra spesse invece che con i denti.

Gli ippopotami pigmei non sono animali sociali, ma piuttosto solitari. Preferiscono vivere in zone di fiumi e laghi con erba nelle vicinanze. Cercano il cibo di notte e durante il giorno si nascondono solitamente nelle paludi o nelle tane di altri animali. Di solito fanno bagni di fango per proteggersi dalle punture di zanzara tra le pieghe della pelle. Inoltre, stabiliscono rapporti mutualistici con gli uccelli, eliminando i parassiti dai loro corpi.

I principali predatori dell'ippopotamo nano sono i leopardi e gli umani. Quest'ultimo li caccia per procurarsi e vendere la loro carne e i canini d'avorio. Questo è il motivo principale per cui questa specie è considerata minacciata.