Ao contrário do hipopótamo comum, o hipopótamo pigmeu ou anão tem hábitos principalmente terrestres, principalmente à noite. Mergulha na água, principalmente para escapar de seus predadores. Por esse motivo, possui olhos localizados mais lateralmente na cabeça. Além disso, seus pés são mais estreitos para poder andar melhor em terra. Têm formato de barril e, embora sejam menores que o hipopótamo comum, podem pesar até 270 kg. A mandíbula inferior está fixada na parte posterior do crânio, permitindo-lhes abrir a boca até 150º, e cortam os alimentos com os lábios grossos em vez dos dentes.

Os hipopótamos pigmeus não são animais sociais, mas sim solitários. Eles preferem viver em áreas de rios e lagos com grama próxima. Procuram comida à noite e durante o dia costumam se esconder em pântanos ou tocas de outros animais. Eles costumam tomar banhos de lama para se protegerem das picadas de mosquitos entre as dobras da pele. Além disso, estabelecem relações mutualísticas com as aves, que eliminam os parasitas de seus corpos.

Os principais predadores do hipopótamo anão são leopardos e humanos. Este último os caça para obter e vender sua carne e caninos de marfim. Esta é a principal razão pela qual esta espécie é considerada ameaçada.