Till skillnad från den vanliga flodhästen har pygmé- eller dvärgflodhästen huvudsakligen terrestra vanor, särskilt på natten. Den dyker ner i vattnet, särskilt för att fly från sina rovdjur. Av denna anledning har den ögon placerade mer lateralt på huvudet. Dessutom är deras fötter smalare så att de kan gå bättre på land. De är tunnformade och även om de är mindre än den vanliga flodhästen kan de väga upp till 270 kg. Underkäken är fäst på baksidan av skallen, så att de kan öppna munnen upp till 150º, och de skär mat med sina tjocka läppar istället för med tänderna.

Pygméflodhästar är inte sociala djur, utan snarare ensamma. De föredrar att bo i områden med floder och sjöar med gräs i närheten. De letar efter mat på natten och på dagen gömmer de sig oftast i träsk eller andra djurs hålor. De tar vanligtvis lerbad för att skydda sig från myggbett mellan hudvecken. Dessutom etablerar de mutualistiska relationer med fåglar, vilket eliminerar parasiter från deras kroppar.

De viktigaste rovdjuren för dvärgflodhästen är leoparder och människor. Den senare jagar dem för att skaffa och sälja deras kött- och elfenbenshundar. Detta är huvudorsaken till att denna art anses vara hotad.