A diferencia del hipopótamo común, el hipopótamo pigmeo o enano tiene hábitos principalmente terrestres, sobre todo por la noche. Se sumerge en el agua, sobre todo para huir de sus depredadores. Por este motivo, presenta los ojos situados más laterales en la cabeza. Además sus pies son más estrechos para poder caminar mejor en tierra. Tienen forma de barril y, aunque son más pequeños que el hipopótamo común, puede llegar a pesar 270 kg. La mandíbula inferior está sujeta a la parte de atrás de cráneo, lo que le permite abrir la boca hasta 150º, y cortan la comida con sus gruesos labios en lugar de con los dientes.

Los hipopótamos pigmeos no son animales sociales, sino bastante solitarios. Prefieren vivir en zonas de ríos y lagos con pasto cerca. Buscan comida durante la noche y por el día suelen esconderse en los pantanos o en madrigueras de otros animales. Suelen darse baños de barro que les sirven para protegerse de las picaduras de los mosquitos entre los pliegues de su piel. Además, entablan relaciones mutualistas con pájaros, que eliminan los parásitos de su cuerpo.

Los principales depredadores del hipopótamo enano son el leopardo y el hombre. Este último los caza para obtener y vender su carne y sus caninos de marfil. Este es el principal motivo por el que esta especie está considerada amenazada.